A nomenclatura para identificação de Hidrovias Interiores segue o padrão de cinco caracteres, sendo os dois primeiros a sigla HN, de Hidrovia Nacional, o terceiro é um dígito correspondente ao código da região hidrográfica, e os dois últimos, a numeração da hidrovia dentro da região ou conjunto de regiões.
Essa última numeração será 00 para a via que nomeia a região hidrográfica e, a partir daí, em linhas gerais, a regra manda enumerar os afluentes:
