As Bacias Sedimentares Fanerozoicas brasileiras agrupam-se em cinco grandes conjuntos: Sinéclises Paleozoicas, Bacias Meso-Cenozoicas de Margem Distensiva, Bacias Meso-Cenozoicas de Margem Transformante, Riftes Mesozoicos Abortados e Bacias de Antepais Andino. O embasamento da bacia do Acre é representado pelo Complexo Jamari, a unidade litoestratigráfica mais antiga que aflora nas cabeceiras do Rio São Francisco que compreende principalmente as seguintes rochas:
