A desinfecção pode ser considerada a última etapa da "limpeza" da água e tem por finalidade eliminar os micro-organismos patogênicos presentes na água. O cloro e alguns de seus derivados, tais como os hipocloritos, são os compostos químicos mais empregados na desinfecção.
O pH é muito importante na desinfecção. Com pH < 6, temos maior poder de desinfecção e, acima desse valor de pH, a eficiência tende a diminuir. Uma água ácida corrói as tubulações, diminuindo o seu tempo de vida útil. Assim sendo, é necessário que se corrija o pH mediante a adição de um alcalinizante. O mais comum é:
