Para a construção de árvores filogenéticas, é necessário assumir algumas premissas, como o cálculo da probabilidade
máxima: dadas certas condições sobre como o DNA muta ao longo do tempo, pode-se encontrar uma árvore que reflete
a sequência mais provável de eventos evolutivos. Considere o exemplo abaixo, em que se observa a comparação entre
três espécies.
Ambas as árvores são possíveis, mas a árvore 1 será a escolhida caso se tome como premissa que:
