Dentre os princípios institucionais do Ministério Público encontram-se os da unidade e o
da indivisibilidade. Esses princípios afastam, conforme posicionamento mais recente do
Supremo Tribunal Federal, a incidência do denominado princípio do promotor natural.
O Presidente da República nomeia o Procurador-Geral da República e o Procurador-Geral
de Justiça do Ministério Público do Distrito Federal e Territórios. Por sua vez, o
Procurador-Geral da República nomeia o Procurador-Geral da Justiça Militar e o
Procurador-Geral do Trabalho.